简阳市人民医院的前身是简阳国立医院。于民国28年(1939年)11月正式成立，院址在简阳公园河边码头附近。成立初为甲级卫生院，分设总务室、妇婴卫生室、环境卫生室、学校卫生室、防疫检验室、卫生教育室、职工25人，周子尚为首任院长。
1949年12月，人民政府接管了国民政府国立医院，当时共有平房3幢，19间，220平方米，病房4间，医疗器械也很简单，仅有注射器、空针、煮沸器、灌肠用具等;因经费不足而甲级卫生院降为乙二级，人员裁减至13人。院内机构分为医疗系和事务系。1950年1月，简阳国立医院更名为简阳县人民卫生院，胡正烈任院长，人员增至17人。1950年夏季，县人民卫生院迁至棋盘山下罗家花园，即现所在地，新建传染病房828平方米，职工宿舍314平方米。
1956年5月8日，简阳县人民卫生院更名为简阳县人民医院，1962年起在简阳县建设路开展门诊、住院等医疗业务工作至1986年止。1969年，县人民医院与县防疫站、县妇幼保健站合并，于8月5日成立简阳县人民卫生院革命委员会。1970年又更名为简阳县人民医院革命委员会，县防疫站、妇幼保健站从中分出，成立简阳县卫生防疫妇幼保健站革命委员会。
1978年7月，简阳县人民医院革命委员会撤销，复称简阳县人民医院，医院恢复实行党支部领导下的院长负责制。到1982年底，医院有职工349人，病床292张。1984年医院实行院长负责制。1994年简阳撤县改市，更名为简阳市人民医院至今。2000年8月，医院领导班子中增加了院长助理和总会计师。2001年5月，经资阳市人民政府办公室批复，同意简阳市人民医院兼挂资阳市第二人民医院的牌子，实行“一套班子，两块牌子”，人、财、物等现行管理体制不变，在业务上同时接受资阳市卫生局管理。